微生物实验室是我院的专业基础实验室，是培养学生微生物实验技能的重要场所。目前，实验室使用面积是75平米，空间布局合理，环境整洁，仪器设备摆放整齐有序，共有仪器设备40台件，仪器设备总值35万余元。主要面向生物技术、环境工程、资源循环科学与工程三个本科专业开设实验教学课程。

实验室仪器设备主要有显微镜30台，超净工作台2台，高压蒸汽灭菌锅2台，生化培养箱1台,光照培养箱1台，能满足微生物学相关实验课程的实验教学任务。